| 創設 | 1898年 |
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| 開設 | 1978年 |
| ベッド数 | 98床 |
| 理事長 | 蓮田健 |
| 院長 | 蓮田健 |
| 副院長 | 井上準之助,松尾勇 |
| 診療科目 | 内科・糖尿病代謝内科・内分泌内科・消化器内科・産婦人科（産科・婦人科）・内視鏡婦人科・小児科・麻酔科 |
| 診療時間 |
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| 面会時間 |
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| 看護体制 | 急性期一般入院料1 |
| 食事 | 患者さまの症状に合ったお食事を提供しています。 アレルギー、食事の嗜好等は管理栄養士にご相談下さい。 |
| 駐車場 | 有（90台） |
| 明治31年(1898年)10月 | 熊本市花園（中尾丸）でジョン・マリー・コール神父と5人のマリアの宣教者フランシスコ修道女、慈善診療所を開設。 |
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| 明治44年2月 | コール神父62歳で帰天。 |
| 昭和9年 | 中尾丸診療所を増改築、花園慈恵院として再出発。 |
| 昭和27年5月 | 社会福祉法の発布に伴い、社会福祉法人聖母会、琵琶崎聖母慈恵病院となる。 |
| 昭和29年4月 | 聖母慈恵病院附属准看護師学院創設。 |
| 昭和44年2月 | 蓮田太二、熊大医学部産婦人科教室より着任。 |
| 昭和46年4月 | 蓮田太二、病院長に就任。 |
| 昭和52年5月 | 婦人科子宮筋腫に県下で最初の膣式手術導入。 |
| 昭和53年(1978年)4月 | 社会福祉法人より医療法人聖粒会慈恵病院へ病院事業を移管。 |
| 昭和53年4月 | 医療法人聖粒会慈恵病院設立。蓮田太二、理事長に就任。病床数65床。 |
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| 昭和54年6月 | 蓮田晶一、九州中央病院外科部長より着任、病院長就任。蓮田太二、副院長就任。 |
| 昭和57年5月 | 増床。病床数98床認可。 |
| 平成3年5月 | 腹腔鏡下胆嚢摘出手術第一例。 |
| 平成4年6月 | 胸腔鏡による自然気胸手術（県下初） |
| 平成5年1月 | 腹腔鏡下胆嚢摘出手術100例突破。 |
| 平成5年8月 | 婦人科で腹腔鏡下子宮全摘出術第一例。（県下初） |
| 平成6年9月 | 基準看護 特3類 認可。 |
| 平成8年1月 | 新看護2：1 Ａ加算 認可 |
| 平成8年4月 | 2階産婦人科個室、14室増設工事完成。 |
| 平成8年6月 | 病院増改築完成 |
| 平成8年9月 | 安産教室でソフロロジー分娩法の指導開始。 |
| 平成9年7月 | 九州内視鏡下外科手術研究会より研修協力病院の指定を受く。 |
| 平成10年4月 | 病院創立100年、医療法人設立20周年記念式典。 |
| 平成19年 | こうのとりのゆりかご運営開始。 |
| 平成21年4月 | 井上準之助、副院長就任。 |
| 平成22年1月 | 松尾勇、副院長就任。 |
| 平成22年4月 | 全科フィルムレス運用開始。 |
| 平成23年1月 | マリア館（産科・小児科棟）運用開始。 |
| 平成23年7月 | 蓮田太二、理事長兼病院長就任。 蓮田晶一、名誉院長就任。 |
| 平成27年9月 | 蓮田健、副院長就任。 |
| 平成28年4月 | 熊本大地震により本館・マリア館被災、避難者受け入れ |
| 平成31年3月 | 特別養子縁組斡旋事業を開始。 |
| 令和2年11月 | 蓮田健、理事長兼院長就任。 |
