| 創設 | 1898年 |
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| 開設 | 1978年 |
| ベッド数 | 98床 |
| 理事長 | 蓮田健 |
| 院長 | 蓮田健 |
| 副院長 | 松尾勇 |
| 診療科目 | 産婦人科（産科・婦人科）・内視鏡婦人科・小児科・麻酔科 |
| 診療時間 |
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| 面会時間 |
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| 看護体制 | 急性期一般入院料1 |
| 食事 | 患者さまの症状に合ったお食事を提供しています。 アレルギー、食事の嗜好等は管理栄養士にご相談下さい。 |
| 駐車場 | 有（90台） |
| 明治31年(1898年)10月 | 熊本市花園（中尾丸）でジョン・マリー・コール神父と5人のマリアの宣教者フランシスコ修道女、慈善診療所を開設。 |
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| 明治44年2月 | コール神父62歳で帰天。 |
| 昭和9年 | 中尾丸診療所を増改築、花園慈恵院として再出発。 |
| 昭和27年5月 | 社会福祉法の発布に伴い、社会福祉法人聖母会、琵琶崎聖母慈恵病院となる。 |
| 昭和29年4月 | 聖母慈恵病院附属准看護師学院創設。 |
| 昭和44年2月 | 蓮田太二、熊大医学部産婦人科教室より着任。 |
| 昭和46年4月 | 蓮田太二、病院長に就任。 |
| 昭和52年5月 | 婦人科子宮筋腫に県下で最初の膣式手術導入。 |
| 昭和53年(1978年)4月 | 社会福祉法人より医療法人聖粒会慈恵病院へ病院事業を移管。 |
| 昭和53年4月 | 医療法人聖粒会慈恵病院設立。蓮田太二、理事長に就任。病床数65床。 |
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| 昭和54年6月 | 蓮田晶一、九州中央病院外科部長より着任、病院長就任。蓮田太二、副院長就任。 |
| 昭和57年5月 | 増床。病床数98床認可。 |
| 平成3年5月 | 腹腔鏡下胆嚢摘出手術第一例。 |
| 平成4年6月 | 胸腔鏡による自然気胸手術（県下初） |
| 平成5年1月 | 腹腔鏡下胆嚢摘出手術100例突破。 |
| 平成5年8月 | 婦人科で腹腔鏡下子宮全摘出術第一例。（県下初） |
| 平成6年9月 | 基準看護 特3類 認可。 |
| 平成8年1月 | 新看護2：1 Ａ加算 認可 |
| 平成8年4月 | 2階産婦人科個室、14室増設工事完成。 |
| 平成8年6月 | 病院増改築完成 |
| 平成8年9月 | 安産教室でソフロロジー分娩法の指導開始。 |
| 平成9年7月 | 九州内視鏡下外科手術研究会より研修協力病院の指定を受く。 |
| 平成10年4月 | 病院創立100年、医療法人設立20周年記念式典。 |
| 平成19年 | こうのとりのゆりかご運営開始。 「SOS赤ちゃんとお母さんのための妊娠相談」開設。 |
| 平成21年4月 | 井上準之助、副院長就任。 |
| 平成22年1月 | 松尾勇、副院長就任。 |
| 平成22年4月 | 全科フィルムレス運用開始。 |
| 平成23年1月 | マリア館（産科・小児科棟）運用開始。 |
| 平成23年7月 | 蓮田太二、理事長兼病院長就任。 蓮田晶一、名誉院長就任。 |
| 平成27年9月 | 蓮田健、副院長就任。 |
| 平成28年4月 | 熊本大地震により本館・マリア館被災、避難者受け入れ。 エンゼルこども食堂オープン。 |
| 平成30年11月 | IABB “International Association Baby Boxes” 設立。 |
| 平成31年3月 | 特別養子縁組斡旋事業を開始。 |
| 令和2年6月 | エンゼルルーム開設。 |
| 令和2年11月 | 蓮田健、理事長兼院長就任。 |
| 令和3年12月 | 内密出産運用開始。 |
| 令和4年8月 | エンゼルルーム3部屋増床、計4部屋に。 売店”MARIARY”オープン。 |
| 令和5年5月 | 熊本市と緊急下の妊婦から生まれた赤ちゃんの出自を知る権利の保障等に関する検討会を共同設置。 |
| 令和5年12月 | 内密出産21例目発表。 |
| 令和6年5月 | 「こうのとりのゆりかご」開設以来、令和4年度までに179人預け入れがあったと発表。 |
| 令和6年6月 | 内密出産27例目発表。 |